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古井戸とのことですが、今も井戸水はあるのですか？その井戸水のｐｈは測りましたか？
井戸水と一括りにされても、こちらはどんな水かわかりません。生き物が住める井戸水と住めない井戸水があると思います。
新しく更水をはるのなら、問題ないと思います。
　それと、水槽の直径が８０とのことですが、奥行と高さがないと　何リットル水が入るのかはわかりませんよね？　
市販では８０の水槽は珍しいのでこちらでは推測がつきません。　自分で計算して何リットル水槽か教えてください。
水草ですが、メダカには睡蓮が似合うと個人的には思います。日よけになるし、肥料をやれば花もつきますよ。

そこそこの水量に少なめのメダカであれば
そのまま放っておいて大丈夫だとおもいます。
高価なメダカを飼うのなら、カラスよけを。