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まず、12リットルに3匹　しかも土佐系となれば
完全に過密です。
金魚は1匹につき10リットルの水が必要です。
psbというバクテリア？をいれているのであればバクテリアは酸素を必要とするので、さらに酸欠になります。
三匹ともそうなら水質悪化（酸性化）しています。

遺伝と言う考えもありますが、最初からそうでしたか？

わたしだったら、バクテリアは入れず、余裕のある飼育容器に移します。
めくれたエラは外科的手術を施すという人もいますが、
初心者には難しいと思うので個人的にはお勧めできません。
しかも、鰓に直接ばい菌が入りやすくなるので更にコンスタントに水質維持が要されます。
鰓に細菌感染すると呼吸困難になり、治療も間に合わないと思います。

まずは　３０リットル以上の環境を準備してあげる事を
ご検討ください。